在野外的水龟通常会潜入水底的淤泥或者躲在岸边的石块或落叶下冬眠。对于家养的水龟，有几个冬眠措施可供选择：
1. 将他们埋在潮湿的沙子中，注意保证沙子的较大湿度。
2. 在他们的身上覆上潮湿的纱布。
3. 将他们放在浅水中（象黄缘盒龟这样的半水栖龟，不建议采用此法）。
4. 将他们放在一个木箱子里，上面盖上潮湿的稻草。对冬眠的水龟也要进行不定期的检查。虚弱的龟或生病的龟不要让他们冬眠，他们没有充足的脂肪以供在冬眠期间消耗。在冬眠之前的一周就停止喂食，并用温水浸泡，否则冬眠期食物和粪便在体内的淤积易造成肠胃炎。一定要保证较大的湿度，否则会缺水而死。在冬眠时的环境温度也不能降到5°C以下，否则会应过度受冻而死。也可以采取加温饲养的方式，不让他们冬眠，不过，他们在冬季的进食次数和食量会有一定的减少。但是对于某些闭壳龟种，没有冬眠这个过程可能会是致命的，他们必须冬眠了。
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