根据水体的肥沃程度选择。 如果水体比较肥，水中藻类多，可用二氧化氯全池喷洒消毒； 如果水体稀薄，最好使用碘制剂进行消毒。 这主要是因为与二氧化氯相比，碘对藻类的杀伤力没有那么大。可根据藻类在水体中的繁殖情况进行判断。
另外也可以用生石灰，因为雨水是偏酸性的，而生石灰是碱性，这样可以中和大雨后，虾场（塘口）的酸性水，稳定鱼塘水体pH值。但是，必须在消毒前先净化水。大雨过后，泥浆冲入鱼塘容易造成水体浑浊，其中含有大量病菌，容易造成缺氧，导致鱼类发病。
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