微生物肥料可根据微生物种类、功能和肥效、成品剂型进行分类。
微生物种类：可分为细菌类肥料、放线菌类肥料、真菌类肥料、藻类肥料、复合型微生物肥料。
功能和肥效：可分为增加土壤氮素和作物氮素营养的菌肥、分解土壤有机质的菌肥、分解土壤难溶性矿物质的菌肥、刺激植物生长的菌肥、增加作物根系抗逆能力的菌肥。
成品剂型：可分为液剂、粉剂和颗粒三种类型。
一、微生物肥料的常见种类
1、按微生物种类可分为五大类：①细菌类肥料(如根瘤菌肥、固氮菌肥、解磷菌肥、解钾菌肥、光合菌肥)；②放线菌类肥料(如抗生菌肥)；③真菌类肥料(菌根真菌肥：包括外生菌根菌剂和内生菌根菌剂)；④藻类肥料(如固氮蓝藻菌肥)；⑤复合型微生物肥料，即肥料由两种以上微生物按一定比例组合形成。
2、按其功能和肥效可分为以下几类：①增加土壤氮素和作物氮素营养的菌肥，如根瘤菌肥、固氮菌肥、固氮蓝藻肥等；②分解土壤有机质的菌肥，如有机磷细菌肥料、综合性菌肥；③分解土壤难溶性矿物质的菌肥，如磷细菌肥料、钾细菌菌肥、菌根真菌肥料；④刺激植物生长的菌肥，如促生菌肥；⑤增加作物根系抗逆能力的菌肥，如抗生菌肥料、抗逆菌类肥料。
3、按其成品剂型划分主要有液剂、粉剂和颗粒三种剂型：①液体类，即将菌种投放到无菌罐中进行工业深层发酵而成，其中活菌的含量将直接影响到肥料的应用效果。②粉剂类，粉剂类是由液体微生物肥料和草炭土等载体混合均匀而产生的，它具有运输方便、含菌量高、增产效果明显的特点。③颗粒类，颗粒类是液体微生物肥料经过造粒设备进行喷雾、造粒、低温烘干而产生的，具有运输方便、施用简便、保质期长的优点
二、微生物肥料的使用方式
1、微生物菌剂
主要用作基肥、追肥、育苗肥。固态菌剂通常用量2公斤/亩左右，与40-60公斤有机肥混合均匀后使用。在作物育苗时，可将固态菌剂掺入营养土中拌土，混均后装入营养钵中育苗；亦可将菌剂稀释10-20倍液拌种、蘸根、喷根；或者稀释500倍液进行叶面喷施。
2、复合微生物肥料
用作基肥10-20公斤/亩，同有机肥或农家肥一起施入；作追肥10-20公斤/亩，作物生长期追施；叶面喷施，稀释500倍叶面喷施。
3、生物有机肥
作基肥100公斤/亩，同农家肥一起施入；作追肥比化肥提前7-10天左右，可参照化肥追肥用量施入。
三、微生物肥料可以修复土壤吗
1、微生物肥料长期使用可以修复被污染的土壤，这个说法是完全正确的。微生物对修复金属污染、有机污染、盐碱化、荒漠化等土地等都有一定的功效。
2、微生物肥料对解决土壤问题有一定的好处，使用微生物肥料后，不仅能大量减少化肥的使用量，还可以降低农药使用量，减少农药在作物里面的残留量。同时微生物肥料中的微生物菌群可以促进土壤生态系统中碳、氮、氧等元素进行良性循环，从而修复并使土壤生态系统达到新的平衡。
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