1、清扫污物。尽可能彻底地扫除鸡笼、地面、墙壁、物品上的鸡粪、羽毛、粉尘、污秽垫料和屋顶蜘蛛网等。后用水冲洗，将污物冲出鸡舍，提高消毒效果。
2、慎重选药。消毒药必须广谱、高效、强力，对金属、塑料制品的腐蚀性小，对人和鸡的吸入毒性、刺激性、皮肤吸收性小，不会侵入残留在肉和蛋中。可用于鸡消毒的消毒剂有强力消毒灵、过氧乙酸、新洁尔灭、次氯酸钠、菌毒敌、百毒杀、金碘、惠福星、复合酚等。
3、科学配液。消毒液的浓度要均匀，对不易溶于水的药应充分搅拌使其溶解。消毒药液温度由20℃提高到30℃时效力可增加2倍，所以配制消毒药液时要用热水稀释。但水温也不能太热，一般应控制在40℃以下。配制好的消毒药液稳定性变差，不宜久存，应现用现配，一次用完。
4、正确消毒。一般按照从上至下，即先房梁、墙壁再笼架最后地面的顺序；从后往前，即从鸡舍由里向外的顺序，如果采用纵向机械通风，前后顺序则相反，应从进风口向排风口顺着空气流动的方向消毒。对通风口与通风死角的消毒务必要严格彻底，这是阻断传播途径的关键部位。
消毒最好选在每天中午的11：00-14：00左右进行，此时气温比较高一些，比较适合消毒。根据舍温，消毒时间可长可短，舍温高时，放慢消毒速度、延长消毒时间可起到防暑降温作用；舍温低时，加快消毒速度、缩短消毒时间可减小对鸡只的冷应激。
消毒枪应在鸡只的上方约50cm处均匀喷洒，消毒液呈雾状均匀落在笼具、鸡的体表和地面，使鸡的羽毛微湿。同时喷洒、冲洗房梁与通风口处，不可以直接对鸡体喷射。消毒后应增加通风，以降低湿度，特别在闷热的夏季更有必要。
雏鸡舍每天消毒1次；蛋鸡舍根据舍内环境污染程度，每天或隔天消毒一次。但要注意，在用活苗免疫后24小时之内应禁止消毒或冲洗饮水器管，否则会影响免疫效果。
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